Επεισόδιο 1: “Four Months Later…”

Τον Μάρτιο του 2007, ο Suresh και ο Bennett συνωμοτούν για να καταστρέψουν την Εταιρεία. Ο Suresh προσλαμβάνεται από τον Bob Bishop, που εργάζεται για την Εταιρεία. Η οικογένεια Bennett μετακομίζει από το Τέξας στην Καλιφόρνια. Ο Parkman χωρίζει με τη σύζυγό του, επειδή εκείνη έμεινε έγγυος από τον παράνομο εραστή της, και μεγαλώνει τη Molly με τον Suresh. Η Molly έχει αρχίσει να βλέπει εφιάλτες για έναν άντρα που την βλέπει. Ο Hiro συναντά τον αγαπημένο του ήρωα, τον Kensei, στην Ιαπωνία του 1671, ο οποίος στην πραγματικότητα είναι Βρετανός. Τα δίδυμα Maya και Alejandro Herrera από τον Άγιο Δομίνικο φεύγουν για να γλιτώσουν από την κατηγορία ενός φόνου και προσπαθούν να μπουν στις ΗΠΑ για να δουν τον πατέρα του Suresh, για τον οποίο δεν γνωρίζουν ότι έχει πεθάνει. Ο Kaito δολοφονείται. Ο Peter βρίσκεται στην Ιρλανδία και πάσχει από αμνησία. Ο Nathan έχει γίνει αλκοολικός.

Επεισόδιο 2: “Lizards”

Ο Peter χρησιμοποιεί τις δυνάμεις του και συμφωνεί να βοηθήσει τους ανθρώπους που τον βρήκαν με τις κλοπές τους. Ο άντρας από την Αϊτή συναντά ξανά τον Bennett. Η Maya σκοτώνει ανθρώπους χωρίς να τους αγγίζει όταν πάσχει από στρες και στην συνέχεια ο Alejandro τους επαναφέρει στη ζωή. Ο Parkman ανακρίνει την Angela για τον θάνατο του Kaito. Αποκαλύπτεται ότι ο Kensei μπορεί να θεραπεύσει τις πληγές του.

Επεισόδιο 3: “Kindred”

Αποκαλύπτεται ότι ο DL είναι νεκρός. Η Niki αφήνει τον Micah υπό την επίβλεψη της γιαγιάς του στη Νέα Ορλεάνη. Ο Peter κερδίζει την εμπιστοσύνη του Ricky, του αρχηγού της Ιρλανδικής συμμορίας, και ερωτεύεται την αδερφή του, Caitlin. Ύστερα από οκτώ χειρουργικές επεμβάσεις, ο Sylar ξυπνά στο Μεξικό με την Candice. Την σκοτώνει αλλά παραμένει χωρίς δυνάμεις. Ο Hiro βοηθά τον Kensei να γίνει ήρωας.

Επεισόδιο 4: “The Kindness of Strangers”

Η ξαδέρφη του Micah, Monica Dawson, ανακαλύπτει την δική της δύναμη: μπορεί να μιμείται τη λειτουργία των ανθρώπινων μυών. Ο Parkman εξασφαλίζει τη βοήθεια του Nathan για την ανεύρεση του άντρα που σκοτώνει τα ιδρυτικά στελέχη της Εταιρείας, όπως είναι ο Kaito. Ο Parkman ανακαλύπτει πως ο πατέρας του, Maury, ήταν ένας από τους ιδρυτές της Εταιρείας. Ο Sylar συναντά τη Maya και τον Alejandro ενώ ταξιδεύουν προς τη Νέα Υόρκη.

Επεισόδιο 5: “Fight or Flight”

Μία γυναίκα που ονομάζεται Elle Bishop προσπαθεί να βρει τον Peter και σκοτώνει τον Ricky με τις ηλεκτρικές δυνάμεις της. Ο Matt και ο Nathan επισκέπτονται τον Maury, ο οποίος έχει ρίξει τη Molly σε ένα βαθύ ύπνο και τη διοχετεύει με εφιάλτες. Ο Maury ξεφεύγει και διοχετεύει τον Parkman και τον Nathan με εφιάλτες. Ο Suresh στέλνει τη Molly πίσω στην Εταιρεία για να βρει θεραπεία, προς μεγάλη απογοήτευση του Noah.

Επεισόδιο 6: “The Line”

Ο Peter και η Caitlin πηγαίνουν στο Μόντρεαλ, αφού βρίσκουν ένα αεροπορικό εισητήριο με αυτόν τον προορισμό ανάμεσα στα υπάρχοντα του Peter. Ο Kensei προδίδει τον Hiro όταν ο Hiro φιλά την αγαπημένο του Kensei, Yaeko.

Επεισόδιο 7: “Out of Time”

Ο Hiro επιστρέφει στο παρών. Ο Peter τηλεμεταφέρει κατά λάθος τον εαυτό του και την Caitlin ένα χρόνο στο μέλλον της Νέας Υόρκης και ανακαλύπτει ότι το 93% του παγκόσμιου πληθυσμού έχει πεθάνει από τον ιό Shanti. Έπειτα ο Peter τηλεμεταφέρεται κατά λάθος πίσω στο παρελθόν και συναντά τον Kensei, ο οποίος του συστήνεται με το όνομα Adam Monroe. Η Niki κάνει μία ένεση με τον ιό και ο Suresh συνειδητοποιεί ότι το αίμα του δεν λειτουργεί πλέον ως θεραπευτικό μέσο. Ο Parkman νικά τον Maury και ανακαλύπτει ότι μπορεί να ελέγχει τις σκέψεις των άλλων.

Επεισόδιο 8: “Four Months Ago…”

Το επεισόδιο παρουσιάζει μερικά flashbacks που καταγράφουν τα όσα συνέβησαν ανάμεσα στην πρώτη και στη δεύτερη σαιζόν. Ο Peter φυλακίζεται από την Εταιρεία και συναντά την Elle, ενώ στη συνέχεια αποδρά με τον Adam και σβήνει τη μνήμη του με τη βοήθεια του άντρα από την Αϊτή. Ο DL σκοτώνεται όταν εκδηλώνεται μια νέα προσωπικότητα της Niki. Η Maya αποκαλύπτει τη δύναμή της, η οποία οδηγεί την ίδια και τον Alejandro στην Αμερική προς αναζήτηση βοήθειας. Στο παρών, ο Peter θυμάται ποιος είναι.

Επεισόδιο 9: “Cautionary Tales”

Η οικογένεια Bennett ετοιμάζεται να αποδράσει πριν τους ανακαλύψει η Εταιρεία. Ο Hiro ταξιδεύει στο παρελθόν και ανακαλύπτει ότι ο Adam σκότωσε τον πατέρα του. Ο Suresh συμμαχεί με την Εταιρεία και σκοτώνει τον Bennett πυροβολώντας τον στο μάτι. Παρόλα αυτά ο Bennett επανέρχεται στη ζωή χάρη στο αίμα της Claire.

Επεισόδιο 10: “Truth & Consequences”

Ο Adam και ο Peter μαθαίνουν ότι ο ιός Shanti βρίσκεται στο Τέξας. Ο Sylar σκοτώνει τον Alejandro, η Maya μαθαίνει πώς να χειρίζεται τη δύναμή της και μαζί με τον Sylar φτάνουν στη Νέα Υόρκη.

Επεισόδιο 11: “Powerless”

Ο Peter ανακαλύπτει ότι ο Adam θέλει στην πραγματικότητα να απελευθερώσει τον ιό και τον αποτρέπει. Ο Hiro θάβει ζωντανό τον Adam τηλεμεταφέροντάς τον μέσα σε ένα φέρετρο. Η Monica απαγάγεται από μια συμμορία και η Niki την σώζει, αλλά παγιδεύεται σε ένα φλεγόμενο κτήριο που ανατινάζεται. Η Elle σώζει τον Suresh, τη Maya και τη Molly από τα χέρια του Sylar. Ο Sylar ανακτά τις δυνάμεις του χρησιμοποιώντας το αίμα της Claire. Ο Nathan οργανώνει μία συνέντευξη τύπου για να αποκαλύψει δημόσια τις δυνάμεις του, αλλά τον πυροβολούν πριν το πράξει.