Γεννήθηκε το 1974. Aπό παιδί σχεδίαζε manga και είχε ως πρότυπα το Dragonball του Akira Toriyama και το τηλεοπτικό anime “Doraemon”. H ταινία του Otomo Katsuhiro “Akira” έγινε η αγαπημένη του. Tο 1996 ο εκδοτικός οίκος Shueisha δημοσίευσε το πρώτο manga του, το Karakuri. Tο 1999 το περιοδικό “Shonen Jump” άρχισε να δημοσιεύει σε εβδομαδιαία βάση το πασίγνωστο πλέον “Naruto”. O Kishimoto έχει λάβει το βραβείο Hot Step Award, το οποίο απονέμεται σε νέους καλλιτέχνες που δημοσιεύουν έργα τους στο “Shonen Jump”. O δίδυμος αδερφός του Kishimoto, Seishi, είναι επίσης mangaka.